Theo đó, trong báo cáo, TP Hà Nội đề xuất giữ lại một số sở và cơ quan t??ơng đ??ơng bởi yếu tố đặc thù. Cụ thể, ph??ơng án sắp xếp, tinh gọn bộ máy với các sở, cơ quan t??ơng đ??ơng và đơn vị sự nghiệp thuộc UBND TP Hà Nội thì TP Hà Nội đề xuất tiếp tục duy trì 10 sở và t??ơng đương, gồm: Văn phòng UBND thành phố, Thanh tra thành phố, Sở Tư pháp, Sở VH-TT, Sở GTVT, Sở Xây dựng, Sở Quy hoạch - Kiến trúc, Sở Du lịch, Sở Ngoại vụ, Trung tâm Phục vụ hành chính công thành phố.
Trong s??? này có 4 sở duy trì theo định hướng của Ban Chỉ đạo Trung ương, gồm: Văn phòng UBND TP Hà Nội, Thanh tra thành phố, Sở Tư pháp, Sở VH-TT. Đối với 5 sở, gồm: GTVT, Xây dựng, Quy hoạch - Kiến trúc, Du lịch, Ngoại vụ được giữ lại bởi có yếu tố đặc thù của Thủ đô, cần thiết phải duy trì theo nội dung đánh giá. Cơ quan t??ơng đ??ơng sở (không nằm trong cơ cấu 15 sở theo định hướng của trung ương) được giữ lại là Trung tâm Phục vụ hành chính công (đơn vị đang thực hiện thí điểm theo chỉ đạo của Chính phủ).
Cùng với đó, TP Hà Nội sẽ tiến hành sắp xếp, hợp nhất một số sở theo chủ tr??ơng của Trung ương. Cụ thể, Sở Kế hoạch và Đầu tư hợp nhất với Sở Tài chính thành Sở Kinh tế - Tài chính; Sở Tài nguyên và Môi trường với Sở Nông nghiệp thành Sở Nông nghiệp và Môi trường; Sở Thông tin và Truy???n thông với Sở Khoa học và Công nghệ thành Sở Khoa học, Công nghệ và Truy???n thông; Sở Lao động Th??ơng binh và Xã hội với Sở Nội vụ thành Sở Nội v??? và Lao động.
Đồng thời, TP Hà Nội dự kiến không duy trì Ban Dân tộc trực thuộc UBND TP Hà Nội mà chuyển chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và biên chế của ban này về Sở Nội v??? và thực hiện kiện toàn tổ chức bộ máy bên trong cho phù hợp.
Hà Nội cũng đề xuất hợp nhất Ban Quản lý các khu công nghiệp và chế xuất và Ban Quản lý khu công nghệ cao Hòa Lạc; giải thể Trung tâm Xúc tiến đầu tư, th??ơng mại, du lịch Hà Nội, chuyển chức năng, nhiệm vụ về các cơ quan có liên quan.